郑军稍稍后撤至圭屿，郑成功亲自驾一艘小船，往来于各船之间，指挥作战。

右武卫将军周全斌的坐船是一艘大炮舰，率先冲入敌军舰队中，巨炮发出轰鸣声，连续击中清军的船只，左冲镇的舰队迎风而进，不多时便夺取一艘敌舰，舰上清军将领哈喇土心等十余人被郑军所俘虏，其余将士均为郑军杀死。

郑军士气大振，连续冲击敌军的舰队编阵中，清军在海战能力上本来就远逊于郑军，况且此时的风向有利于郑军，清军的前锋舰队遭到重创。除了被郑军击沉与焚毁的船只之外，清军被俘获的船只多艘，清军将领呢马勒土心、石山虎等人被郑军生擒，被清军夺去的杨元标的铳船，也为郑军重新夺得。

降清的海军将领黄梧深知郑军在海战上的优势，他不敢率船前进，只是观望。

此时过了正午，海面上刮起强烈的南风，由于郑军的位置偏南，更为有利，郑军的宣毅右镇、左先锋镇、户官水师等从浯屿赶了过来，加入这场大海战，胜负的天平倾向郑军一方。

郑成功冒着敌军炮矢交攻，穿梭于波涛之间，沉着冷静，指挥舰队大破清军，经过一番血战，清军被击毁焚烧的船只遗骸漂满海面，清军主将李率泰见势不妙，赶紧下令全线龟缩退回海澄。

有几艘清军船只迷失方向，搁浅在了圭屿，大约有三百人，最后被郑军包围投降，郑成功发现这些人没有真心实意要投降，便下令沉杀于海上。

这样，从海澄出发的清军水师，尚未踏上厦门岛，便被郑军所击败。

另一路由同安出发的清军水师，对厦门岛基地构成的威胁更大，在海门大海战的同时，在北边，另一场大战斗也正在进行之中。

北线清军水师由安南将军达素、同安总镇施郎统率，兵分三路，分别由同安北港、同安南港、浔尾三个方向出击，横渡海峡，在厦门岛的赤山坪登陆。

清军将汉兵置于第一梯队登陆，满兵置于第二梯队登陆，这个登陆点并不是十分理想，因为这里水浅泥深，不利于大部队的展开。

驻守于此的部队是郑军前冲镇的翼将黄麟，他指挥所部反击，但清军人多势众，很快黄麟便抵挡不住，往后撤退，清军一拥而上。

如果不能将清军阻挡在海滩这一个狭窄的地带，一旦越来越多的清军向纵深挺进，那么厦门岛将岌岌可危。

此时陈璋指挥的殿兵镇也投入战斗，双方炮矢交攻，打得非常激烈，郑军坚守阵地，清军难以突破，双方战局陷入胶着状态。此时，清军的军队源源不断地登陆，而郑军在明确清军主攻方向后，也调集重兵堵御。郑军的王牌便是陈鹏所指挥的右虎卫镇，即郑军中的铁人部队，另一支铁人军左虎卫镇在南京之役中伤亡过半，其余众被编入右虎卫镇中。然而陈鹏自从南京之役后，对郑军的前景非常悲观，他私下串通清军，企图按兵不动，配合清军的进攻。

五军戎政王秀奇严令右虎卫镇进兵，协助殿兵镇抵御清军，陈鹏没有办法，派右协陈蟒、领旗协刘雄率各自辖下的部队奔赴赤山坪。

对于陈鹏的消极避战，右虎卫镇中的一些将领非常不满，前协万宏、领兵林雄力等人极力请求前往作战，陈鹏没有理由拒绝这些将领的要求，最后这支生力军才得以投入战斗。由于右虎卫镇的战斗力超强，他们的到来对于稳定战局起到至关重要的作用。

清军登陆的部队始终无法向厦门岛内挺进，被困于浅滩一带，没能突破郑军坚强的防线。此时前冲镇指挥官刘俊得知清军主攻方向在赤山坪，便率部来援，协助殿兵镇、右虎卫镇共同反击清军的登陆。

战局的拖延使清军开始陷入被动，海水开始上涨，使得清军滞留于浅滩地带的登陆部队处境更加不利，半数以上的清军士兵陷入淤泥之中。

在此次战役之初，林察指挥的郑军海军舰队表现不佳，并没能在海上拦截清军的水师，直到此时，海军舰队才发现清军舰队已经在赤土坪一带登陆，最先赶到的舰队是宣毅后镇，清军发现郑军舰队后，一部分战船调头与郑军展开对攻，海面上大炮轰鸣，又一场惊动动魄的大海战开始了。

继宣毅后镇水师赶赴战场后，原停泊于高崎的后冲镇水师、新港的左冲镇水师都陆续抵达，清军先是在登陆战中受挫，侧翼又遭到郑军水师的猛烈袭击，开始觉得不支。

林察指挥的主力舰队，终于珊珊来迟，他率中冲镇水师、宣毅前镇水师加入到这场海战的行列。这么一来，郑军开始控制战场的主动权，清军登陆部队在郑军在反攻之后，伤亡惨重，在滩头被击毙的清军士兵，大约占总登陆人数的七成，而水师在郑军围攻之下，也陆续被击沉多艘，安南将军达素一看大势不妙，也下令同安水师撤回港内，留下浔尾水师断后。

到五月十三日，浔尾清军水师在中冲镇、宣毅前镇水师的打击下，也返回浔尾港。这次清军集数省力量发动的围剿厦门岛的进攻战，终于全线失败。

粤东凶悍的海盗头目苏利、许龙也奉命率舰队出击，但是见南澳岛郑军早有防备，不敢轻举妄动，后来得悉围攻厦门岛的战斗失败，广东水师也识相地退回，南面的局势也稳定下来。

厦门岛保卫战对郑成功而言，是一次生死决战。在南京战役、崇明战役失败之后，郑军上下弥漫着失败的氛围，连郑成功麾下最精锐的右虎卫镇，其将领陈鹏都私通清军，险些酿成大患。郑成功在非常不利的情况下，他没有动摇信心，充满自信地进行一场绝地反击，再次捍卫自己海上霸主的地位，并且以此光辉一役，挽回军心与士气。凭借此役的胜利，郑成功避免了遭到西南李定国全军覆没的命运，使得东南抗清旗帜屹立不倒。

战后，郑成功严惩叛逆者，右虎卫镇的指挥官陈鹏私通清军，被处于凌迟之酷刑。右虎卫的协将陈蟒在厦门战役中表现杰出，被任命为右虎卫镇指挥官，同时组建新的左虎卫镇，由何义为指挥官。

清军虽然在进攻厦门一役中伤亡惨重，但是对郑军的威胁仍然非常大，严防清军再度进犯，对郑成功来说，是十分必要的。郑成功仍然以他一惯的强人作风，写了一封信给清军安南将军达素与福建总督李率泰，约他们再打一战，以决胜负，并且还附上巾帼，称如果达素与李率泰不敢再战，则可收下巾帼。达素与李率泰也不与郑成功较真，收下了巾帼，并写了一封回信交给来使。

达率与李率泰都意识到，想要渡海作战，彻底击败郑成功，并非短期内可以奏效。李率泰认为，对郑军必须采取封锁围围的战略，具体的措施，是将与厦门岛临近的同安排头、海澄方田八十八堡及海澄边境等地的居民全部迁移往内地。

李率泰的战略得到了清政府的认同，并将其作为不战而胜的一个基本方针。清军所采取的坚壁清野的战略，给郑成功制造了不少麻烦。为了打破清军的封锁政策，从七月到十二月，郑成功派遣军队，北至兴化、福清，南至潮阳，略地取粮，但是此时全国的局势已经对郑成功十分不利了。

这一年的四月，吴三桂和清廷奏称\"滇土虽收，滇局未结”，请求进兵缅甸，对永历帝、李定国发动最后的攻势。八月，清政府任命爱星阿为定西将军，会同吴三桂进攻李定国。西南局势已经明朗化，永历帝的覆灭只是时间问题，这么一来，清军将有更多的人力、物力投入到东南战局，郑成功面临前所未有的巨大压力。

郑成功凭借海军的强大力量，仍然控制闽粤一些沿海地区与岛屿，但是清军的封锁政策遏制了郑军势力的扩张，而厦门基地虽然有海峡与大陆相隔，却并非无懈可击，狭窄的海峡使厦门一直处于清军水师的攻击范围，而在施郎、黄梧等郑军叛将的训练之下，清军水师的战斗力也不断提升。另一方面，厦门岛面积太小，资源缺乏，难以提供十余万军队的粮食，郑军想要度过难关，必须寻找一个更可靠的基地，一个可以远避清军攻击、提供军队粮食、面积足够大、而且可能保障将士家属安全的新基地。

郑成功在苦思冥想之后，他作出一个伟大的决定：进军台湾。这个决定，不仅是郑氏集团摆脱困境的重要一步，而且也使得郑成功以台湾的解放者、荷兰侵略军的终结者的身份，跨入中国历史上最伟大的民族英雄之列。