20世纪特种作战年轻参谋钟荀在洪灾指挥中亲临前线，不料却因公殉职。而灵魂却被吸入了柯南世界，魂穿到黑衣组织里一位掌握着军火武器意外猝死的干部——“尼格罗尼”身上，并继承其记忆。

基于钟荀生前闲暇之时看过柯南小说，而且最痛恨美国人与日本人。钟荀利用日本国内所有黑白势力，摧毁在日的所有美国间谍机构，借此破坏这个世界的美日同盟。

但是随着自身的到来，钟荀越发觉得这个世界的时间齿轮在慢慢脱离轨道，甚至怀疑会不会影响自己在柯学世界的暗中布局？