自忍者之祖，六道仙人的时代起，时间流逝，六道的血脉被传承给了千手和宇智波这两大家族。从六道的儿子，因陀罗和阿修罗的代开始，持续了漫长岁月的两个家族之争在"千手柱间"和"宇智波斑"的时代得到了暂时的落幕。柱间察觉到孙子绳树的异样，或许只是为了曾经的亲情，在绳树成为忍者之前因与雾隐忍者角都的战斗丧命，柱间利用仙术奥义，用自己的生命换来绳树的重生，此时的故事正将开始......